شوراي عالي اداري نيز در هفتاد و ششمين جلسه خود در سال 1376 بنا به پيشنهاد مشترك سازمان امور اداري و استخدامي و وزارت راه و ترابري و در راستاي استراتژيهاي بخش حملونقل مسافري و سياستهاي برنامه دوّم توسعه و بمنظور استفاده بهينه از امكانات و افزايش كارايي و ارائه خدمات مطلوب و بموقع به مردم، تصويب نمود كه فعّاليتهاي مسافري از راهآهن جمهوري اسلامي ايران جدا و به شركت قطارهاي مسافري رجاء واگذار شود. پس از تشكيل، کليه فعاليتهاي اجرايي مرتبط با جابجايي مسافر از طريق سيستم حمل و نقل ريلي، شامل فروش بليت، بهرهگيري از كلية واگنها، كلية فعّاليتهاي مربوط به خدمات قطارهاي مسافري، بهرهگيري از كلية كارخانجات، كارگاهها و مراكز اعزام مأمورين به شرکت رجاء واگذار شد.
پروژه مديريت استراتژيک در شرکت قطارهاي مسافري رجاء با حمايت و تعهد کامل مديرعامل وقت و مديران ارشد شرکت در اواسط سال 135 آغاز گرديد. يکي از دستاوردهاي اصلي پروژه، دستيابي به توافق نظر و همسويي ديدگاهها در خصوص افق مطلوب شرکت رجاء در بيست سال آتي بود. قرار گرفتن در بين ده شرکت برتر اتحاديه بينالمللي راهآهنها، به اندازه کافي مهيج، قابل دستيابي و الهامبخش بود که مديران و کارکنان را در راستاي تحقق اين افق مطلوب همسو نمايد.
يکي از دستاوردهاي اصلي اين پروژه، طراحي مدلهاي سفارشي و متناسب با سيستمها و سازمانهاي خدماتي بود. نظام برنامهريزي در بخشهاي خدماتي بواسطه ويژگيهاي خاص خدمات (ناملموس بودن، تفکيکناپذيري توليد و مصرف، زائل شدني بودن و غيره) متفاوت از نظام برنامهريزي حوزههاي توليدي است و اين مهم، به خوبي در اين پروژه مورد توجه قرار گرفت. همچنين از دستاوردهاي ديگر اين پروژه، تعهد و مشارکت بالاي کارگروهها و لايههاي مختلف سازماني در فرايند تعريف پروژههاي عملياتي بود. اين امر به گونهاي بود که حتي تغيير مديريت ارشد سازمان در مقطعي از اجراي پروژه، خللي در توسعه برنامههاي استراتژيک در لايههاي مختلف ايجاد نکرد.